御营司之设立正如宋朝军事与战争的双刃剑既是战略布局的巍峨屏障也是兵力调度的精妙策略
南宋建炎元年(1127年)置，高宗即位时三衙禁军事实上已不存在，便设御营司统辖诸将。《宋史·职官志二》记载：“建炎元年，置御营司，以宰相为之使，仍以执政官兼副使……初以总齐行在军中之政……四年，诏自今宰相兼知枢密院事，罢御营使。”
建炎元年因禁兵溃散始设御营使司统一指挥东南地区各军，为皇帝直属部队称御营军。初分前、后、左、中四军，但因苗傅刘正彦两军兵变成三军，即刘光世副使右羽翼、韩世忠左翼和张俊右翼。另有五軍但兵员稀少。建炎四年改前、后、中为神武、中神武副及巡卫。
南宋建立于金人入侵下，其根基不稳。在这种严峻形势下设置御营司旨在新统兵机构以稳定政权。而靖康元年的金人入侵导致北宋灭亡，而赵构被任命为兵马大元帅逃往济州后得到众多士卒归附。
到建炎元一年二月赵构进驻济州共有“官兵及群盗来归者八万人”归其麾下。此后又有名将如韩世忠刘光世等率领部队投奔赵构。一经拥有大量士卒之后赵构于五月继承皇位庙号高宗。
然而面对金人的威胁如何重整故土组建机构成为头等要务。但由于北宋王朝瓦解原有的枢密院和三衙被放置，无需恢复旧体制而直接设置了新的机构——御营司，以总揽行在之政。
《玉海》记载“或一员或两员宰相兼；副使一员执政兼；参赞从官兼提举大将”，集合了行政与指挥权于一身避免中书省与三衙互不相知的情况，使得宰相能依据所得情报迅速决策。而由于高宗受到金人的威胁无固定的安全地点，“援景德幸擅渊例”，由巡幸而置，使其保障国君外出安全，如真宗景德时期使用此制度，从此以备不时用也。
因此，在南宋建立初期，由于国家危机无法重振旧体制便创立了御营司来应对金人的进攻，并且由宰相担任，使得北宋枢密院、三衙失去作用，让宰相可以快速做出决策，这种安排符合当时国家不安定的国情。
